• 课程安排

    推荐所有生物、医学研究者和学生参加;适合零基础学员参加;通过五天的学习可掌握 Linux 和 R语言;

    自行完成转录组基本分析,以及表达数据的深度挖掘与绘图

    课前预习

    提前预习基因课视频(www.genek.tv)、安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 个人电脑安装:IGV、R、Rstudio

    第一天

    Linux 基础

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 计算机基础:CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息软件安装

    第二天

    基本分析

    1. 高级生物信息命令:grep、sort、awk、sed 等

    2. 后台运行、批处理等技巧

    3. 任务练习:测序数据过滤和质控

    4. 任务练习:比对到参考基因组(Hisat2 的使用)

    5. 任务练习:表达定量(featureCounts 的使用)

    6. 可视化:IGV 的使用

    第三天

    原理和标准分析

    1. 方案设计:测序量与生物学重复

    2. 方案设计:混池测序

    3. 基本原理:FPKM、TPM、TMM

    4. 解读公司结题报告

    5. 表达数据挖掘思路:如何锁定关键样本、锁定关键基因

    6. 差异表达分析:DESeq2、edgeR,一键式差异分析程序

    7. 自主开发的全自动转录组分析流程实操(赠送全部代码)

    第四天

    R 语言基础

    1. R 和 Rstudio 安装

    2. 变量(向量、矩阵、数据框、因子等)

    3. 控制流(条件控制、循环控制)

    4. 输入输出(读取文件、输出文件)

    第五天

    使用 R 语言挖掘表达数据

    1. 相关性分析

    2. 主成分分析:降低数据维度,简化分析

    3. 聚类分析:锁定关键基因和关键样本
    4. 功能注释:功能注释和GO、Pathway、KOG/COG 分类

    5. 富集分析:自主开发的适合所有物种的富集分析方法(emcp)

    6. WGCNA:加权共表达网络分析

  • 往期精彩

    学习知识 结交朋友

  • 讲师介绍

    一线工程师、CNS一作授课

    基因课介绍

    成立于 2017年7月,专注于生物信息学培训。

    基因课网校:已完成 14 门视频课程的开发,累计学员 3000 余人。

    线下培训班:武汉、成都、西安、杭州、广州、北京等地举办快速入门班 11 期、周末成长班 2 期,累计培训学员 500 余人。

    主讲老师 张旭东

    曾任华大基因项目组组长、产品研发组组长。
    2014年合伙创办贝纳基因,担任CTO。
    2017年创办基因课,专注生物信息学培训。

    发表文章:麻疯树基因组计划(the plant journal)、鹰嘴豆基因组计划(Nature Biotechnology)、 芝麻基因组计划(Genome Biology)、猕猴桃群体研究(New Phytologist)。

  • 报名费用

    单期

    4500/人

    • 前10人优惠 500元
    • 老学员优惠 500元
    • 老学员推荐优惠100元
    • 3人组团,每人优惠300元;5人组团,每人优惠500元;
    • 以上优惠不可叠加。

    超级会员

    10900/人(原价14800/人)

    • 可参加1年内所有培训班
    • 承诺1年内举办培训班不少于 10 期
    • 邮递1年内内所有培训班教材
    • 有效期从参加第一期培训班开始计算
  • 报名

    提前报名,享受优惠,报名后会发送资料至邮箱

    或扫码微信咨询

  • 常见问题

    1. 我是零基础,能学会吗?

    前两天为基础课程,后三天会专题课程。基础课程会从测序原理、Linux 等开始讲,所以零基础完全可以掌握。

    2. 电脑配置有什么要求?

    没有特别高的要求,平时使用还比较流畅就行。我们会为大家提供高性能服务器,大多数据分析都是在服务器完成,个人电脑通过远程访问方式登录服务器。

    3. 住宿怎么安排?

    建议住在推荐的酒店,我们可以以协议价为大家预订酒店,请填写表单:http://genek-tv.mikecrm.com/JFLTlGW
    也可以自己预定附近酒店。

    4. 如何付费?

    支持以下付款方式。

    如需现场缴费,请先以方式二支付 200元定金,以便提前开通预习资料。定金报道会退还。

    转账备注“单位-姓名”。

    --------------------------------------

    方式一:银行对公转账
    户名:武汉简并科技有限公司
    开户银行:汉口银行股份有限公司光谷分行
    账 号:005041000451905
    --------------------------------------
    方式二:支付宝对公转账
    用户名:武汉简并科技有限公司
    公司支付宝:service@genek.tv
    --------------------------------------
    方式三:现场缴费
    支持现金、支付宝、微信、银行卡、公务卡等

    5. 关于合同、发票、培训通知

    • 通知:待时间确定后可下载
    • 发票:可开培训费、会议费、技术服务费、测序分析费等
    • 合同:可提供合同、发票清单等