• 课程安排

    推荐所有生物、医学研究者和学生参加;适合零基础学员参加;通过五天的学习可自行完成转录组基本分析以及表达数据的深度挖掘与绘图

    课前预习

    提前预习基因课视频(www.genek.tv)、安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 个人电脑安装:IGV、R、Rstudio

    第一天

    Linux 基础

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 计算机基础:CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息软件安装

    第二天

    基本分析

    1. 高级生物信息命令:grep、sort、awk、sed 等

    2. 任务练习:测序数据过滤和质控

    3. 任务练习:比对到参考基因组(Hisat2 的使用)

    4. 任务练习:表达定量(featureCounts 的使用)

    5. 可视化:IGV 的使用

    第三天

    原理和标准分析

    1. 方案设计:测序量与生物学重复

    2. 方案设计:混池测序

    3. 基本原理:FPKM、TPM、TMM

    4. 解读公司结题报告

    第四天

    深度挖掘(上)

    1. 差异表达分析:DESeq2、edgeR,一键式差异分析程序

    2. 功能注释:功能注释和GO、Pathway、KOG/COG 分类

    3. 富集分析:ClusterProfiler 包的使用

    4. 富集分析:适合所有物种的富集分析方法

    第五天

    深度挖掘(下)

    1. 主成分分析:降低数据维度,简化分析

    2. 聚类分析:锁定关键基因和关键样本

    3. WGCNA:加权共表达网络分析

    第一天

    原理:测序原理 + 转录组原理与方案设计

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore
    2. 转录组原理:拼接、注释、比对、定量、差异分析等
    3. 方案设计:测序量与生物学重复
    4. 方案设计:混池测序
    5. 方案设计:数据量与饱和度
    6. 数据挖掘:锁定关键基因、锁定关键样本

    第二天

    Linux 基础

    1. Linux 常用命令
    2. 高级生物信息命令:grep、sort、awk、sed 等
    3. 数据上传和下载
    4. Linux 软件安装
    5. Linux 软件运行与任务管理
    6. 实操:测序数据过滤和质控
    7. 实操:差异表达分析
  • 报名费用

    单期

    4500/人

    • 前10人优惠 500元
    • 老学员优惠 500元
    • 老学员推荐优惠100元
    • 3人以上组团,每人优惠100元

    超级会员

    限时9900元/人(原价 14800)

    • 可参加1年内所有培训班
    • 承诺1年内举办培训班不少于 10 期
    • 邮递1年内内所有培训班教材
    • 有效期从参加第一期培训班开始计算
  • 报名

    提前报名,享受优惠,报名后会发送资料至邮箱

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