• 课程安排

    推荐动植物研究着参加;不适合医学从业者参加;合适零基础学员参加;

    通过五天的学习可自行完成重测序的基本分析,掌握群体遗传学分析、关联分析等

    课前预习

    预习基因课视频课程(www.genek.tv)并安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 服务器安装:bwa、samtools、bcftools、GATK、picard、vcftools

    5. 个人电脑安装:IGV

    第一天

    Linux 基础

    1. illumina 测序原理

    2. Linux 常用命令

    3. 生物信息软件安装

    4. 任务实操:测序数据过滤和质控

    第二天

    重测序基础分析:变异检测

    1. 测序数据比对到参考基因组:bwa、samtools 等

    2. 变异检测:SNP/INDEL/CNV/SV/PAV

    3. 变异注释:预测变异对功能的影响

    4. 格式解读:sam/bam、vcf/bcf、ped/bed

    5. 常用工具:vcftools、bedtools、picard、plink等

    第三天

    群体结构分析:探索不同亚群、品系之间的进化关系

    1. 群体结构分析:PCA、Structure、进化树构建

    2. 亲缘关系分析:kinship分析

    3. 连锁不平衡分析:LD 分析与绘图

    4. 基因分型:SNP 的 phasing 分析与单倍型分析

    第四天

    群体选择分析:探索选择与驯化留下的数据印记

    1. 单群体选择信号识别

    • 群体多样性参数π 
    • Tajima's D选择性清除分析 
    • 基于单倍型延展性的分析-iHs

    2. 群体间差异识别选择信号

    • 基于群体间差异的Fst分析(滑窗+单位点)
    • 基于等位基因频谱的分析-XPCLR
    • 基于群体间多态性差异的分析-ROD
    • 基于群体间单倍型差异-XPEHH
    3. 重要基因的局部分析与可视化
    • 单倍型block分析-haploview
    • IGV浏览器-变异结果的可视化
    • 多种形式数据整合
    • 相关结果的绘图展示-曼哈顿图等

    4. 群体进化其他分析

    • 基因交流分析-treemix-物种基因组水平 
    • 基因渗入分析-物种序列片段水平 
    • 群体历史-有效群体大小分析-PSMC

    第五天

    群体关联分析:探索基因与性状的关系

    1. 公共数据下载和利用

    • SRA已发表数据下载 
    • 公共数据的重新利用角度和方案设计

    2. 群体重测序其他分析

    • GWAS关联分析 
    • BSA混池分析

    3. 重测序研究方案设计

    • 重测序高分文章解读 
    • 重测序研究方案设计
  • 往期精彩

    学习知识 结交朋友

  • 报名费用

    单期

    4500/人

    • 前10人优惠 500元
    • 老学员优惠 500元
    • 老学员推荐优惠100元
    • 3人组团,每人优惠300元;5人组团,每人优惠500元;
    • 以上优惠不可叠加。

    超级会员

    10900/人(原价14800/人)

    • 可参加1年内所有培训班
    • 承诺1年内举办培训班不少于 10 期
    • 邮递1年内内所有培训班教材
    • 有效期从参加第一期培训班开始计算
  • 报名

    提前报名,享受优惠,报名后会发送资料至邮箱

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