• 课程安排

    推荐动植物研究者参加;适合零基础学员参加;
    通过五天的学习可以掌握 Linux 基础、R语言基础、Chip-Seq、ATAC-Seq 和 BS-Seq 数据分析

    课前预习

    提前预习基因课视频(www.genek.tv)、安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 服务器安装:blast、fastp、Soapdenovo

    5. 个人电脑安装:Mega

    第一天

    Linux 基础

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 计算机基础:CPU、内存、硬盘、核、进程、线程、并行计算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息软件安装:手动安装、自动安装

    5. 高级命令:grep、sort、awk、sed 等

    6. 任务练习:测序数据过滤和质控

    7. 任务练习:基因家族分析

    第二天

    R 语言基础

    1. R 和 Rstudio 安装

    2. 变量(向量、矩阵、数据框、因子等)

    3. 控制流(条件控制、循环控制)

    4. 输入输出(读取文件、输出文件)

    第三天

    Chip-Seq

    1.实验原理和实验设计

    2.call peaks(无replicate和有replicate;narrow peak or broad peak)

    3.高级质控和motif预测

    4.Differential peak calling (无replicate和有replicate; pairwise or timeseries)

    5.ChIP-seq与RNA-seq关联分析

    第四天

    ATAC-Seq

    1.实验原理和实验设计

    2.call DHSs 和footprint

    3.高级质控、motif预测和搜索

    4.差异DHSs 检测和聚类分析

    5.转录调控网络分析

    第五天

    BS-Seq

    1.实验原理和实验设计

    2.数据比对和基础分析

    3.染色体和基因组功能原件甲基化的动态变化分析

    3.DMCs和DMRs检测及分布分析

    4.DMRs关联基因的功能分析