• 课程安排

    课前预习

    提前预习基因课视频(www.genek.tv)、安装软件

    1. 视频课程:《生物信息入门之 Linux》

    2. 视频课程:《生物信息软件安装》

    3. 视频课程:《测序数据过滤和质控》

    4. 服务器安装:blast、fastp、Soapdenovo

    5. 个人电脑安装:Mega

    第一天

    Linux 基础

    1. 测序原理:illumina、PacBio、Nanopore

    2. 计算机基础:CPU、内存、硬盘、核、进程、并行计算等

    3. Linux 常用命令

    4. 生物信息软件安装:手动安装、自动安装

    第二天

    Linux 下数据分析实操

    1. 高级命令:grep、sort、awk、sed 等

    2. 任务练习:测序数据过滤和质控

    3. 任务练习:基因家族分析

    第三天

    基因组拼接

    1. 基因组Survey:基因组大小、杂合度、重复序列含量评估

    2. 拼接策略制定:二代、三代、Hi-C等

    3. 拼接原理

    4. 拼接软件:SOAPdenovo、canu、pilion 等

    第四天

    基因组注释

    1. 重复序列注释:RepeatMasker

    2. 基因结构注释:使用 BRAKER 训练参数模型

    2. 基因结构注释:使用 Maker 自动化注释

    3. 基因功能注释:eggnog-mapper 结合自主开发流程

    第五天

    比较基因组

    1. 基因家族鉴定:orthofinder、韦恩图

    2. 物种树构建

    3. 共线性分析:MCscanX、共线性图

    4. 基因家族分析:同源基因鉴定、进化树构建、进化树美化
    5. 正选择分析