• 课程安排

    推荐医学研究者和学生参加;适合零基础学员参加;通过三天的学习可掌握 R语言;

    以及表达数据的深度挖掘与绘图

    课前预习

    提前预习 效果加倍

    1. 视频课程:《生物信息入门之 R》

    2. 安装软件:R、Rstudio

    第一天 9:00~12:00

    R 语言基础

    1. R语言介绍

    2. 快速入门:通过一个例子,30分钟理解编程语言的框架

    3. 环境部署:R、Rstudio、包的安装

    4. 数据类型:数值型、字符型、逻辑型

    5. 数据结构:向量、数据框、列表、因子等

    6. 流程控制:循环、条件

    7. 输入输出

    第一天 14:00~18:00

    Tidyverse:数据处理

    1. Tibble 数据结构介绍,与数据框的转换

    2. 使用 dplyr 进行数据筛选和过滤
    3. 分组统计
    4. 多表关联

    第二天 9:00~12:00

    表达数据挖掘原理

    1. 转录组测序原理与方案设计

    2. 表达数据挖掘思路串讲

    3. 差异表达分析

    4. 富集分析

    5. 相关性分析

    6. 主成分分析

    7. 聚类分析
    8. WGCNA

    第二天 14:00~18:00

    表达数据挖掘实操

    1. 差异表达分析及火山图绘制
    2. 富集分析、GSEA及图表绘制
    3. 相关性分析及绘图

    4. 聚类分析与绘图

    5. Heatmap 绘图,各种复杂的热图绘制

    6. 主成分分析与绘图

    7. WGCNA,加权共表达分析与绘图

    8. Cytoscape 网络图绘图

    9. 生存分析及绘图

    第三天 9:00~12:00

    GEO 数据挖掘

    1. SRA 数据库介绍

    2. GEO 数据库介绍及数据下载和整理

    3. GEO 分析流程和代码参数讲解

    第三天 14:00~18:00

    ggpubr 出版级作图

    1. 基本概念:图层、映射、几何对象、统计变换、主题、坐标
    2. 绘图实战:散点图、条形图、箱线图、小提琴图、密度图等

    3. 添加 pvalue 等统计信息

    3. 图形美化:主题设置

    4. 实用技巧:分面、一页多图等

  • 往期精彩

    学习知识 结交朋友